省庁再編法（中央省庁等改革基本法）第三十八条（独立行政法人の運営に係る制度の基本）の八項は次のようになっています．
八 所管大臣は、中期計画の期間の終了時において、当該独立行政法人の業務を継続させる必要性、組織の在り方その他その組織及び業務の全般にわたる検討を行い、その結果に基づき、所要の措置を講ずるものとすること。（評価委員会）
「業務を継続させる必要性」という部分に注意して下さい．廃校にする権限を文部大臣（あるいは教育科学技術省大臣？）が持つことになります．現在これが国会の議決事項，つまり国立学校設置法の改正によらなければならないのと大違いです．官僚支配が今日以上に強まることは明白です．「予算を付けないぞ」という脅しどころか，「廃校にするぞ」という脅しが有効になります．大学紛争時代の「大管法」も真っ青です．このような制度が教育基本法とコンパチブルなはずはありません．
この問題を契機に国立大学の今日の官僚依存体質をどうしたら変えられるか，という提案を社会に対してしなければならないし，同時にそのチャンスでもあります．